Các sản phẩm tự nhiên bao gồm thực vật, động vật và khoáng sản là nguồn dẫn năng suất cao nhất cho sự phát triển của thuốc. Một số hợp chất có nguồn gốc từ các nguồn tự nhiên hiện đang được nghiên cứu lâm sàng và tiền lâm sàng, đặc biệt là các chất chống viêm, tim mạch, chống tiểu đường, chống béo phì, chống sốt rét, chống virut và chống neoplastic. Hiện nay có rất nhiều nhà máy nhận nấu cao dược liệu, chiết xuất dược liệu, sản xuất thuốc từ thảo dược thiên nhiên. Các nguồn lợi dược phẩm từ nguồn dược liệu thiên nhiên từ lâu đã được quan tâm, tuy nhiên vấn đề an toàn và hiệu quả của chúng trong quá trình chế biến được đặc biệt chú ý. Điều này có thể là do tính chất phức tạp của cây thuốc vì chúng có chứa một số thành phần hóa học mà khi quá trình chế biến có thể bị thay đổi trở thành một công thức mới. Hiện rất ít công ty dược phẩm tham gia sàng lọc phát hiện thuốc từ các nguồn tự nhiên. Điều này có thể là do chi phí cao liên quan đến việc phân lập và xác định các hợp chất tinh khiết, khó thu thập, tính chất phức tạp của thực vật và không có hướng dẫn quy định rõ ràng cho các sản phẩm tự nhiên. Trọng tâm chính của chúng là các công thức thảo dược, nhưng vấn đề hiệu quả và an toàn vẫn còn. Trong quy trình khám phá thuốc thảo dược thông thường, một thành phần hoạt chất tinh khiết duy nhất được phân lập, tinh chế và tiêu chuẩn hóa. Các công thức thảo dược đa thành phần có thể được tiêu chuẩn hóa bằng các kỹ thuật mới hơn như lấy dấu vân tay DNA, sắc ký lớp mỏng áp suất cao (HPTLC) và phương pháp sắc ký khối phổ (LCMS) sắc ký lỏng. Chuyên khảo trong nhà cần được phát triển và phê bình theo. Phát triển một loại thuốc thảo dược liên quan đến việc thu thập và xác thực các tài liệu, dược lý, phytochemical, đánh giá dược lý và tiêu chuẩn hóa. Các loại cây thuốc tự nhiên khi được lựa chọn để sàng lọc sẽ loại bỏ nguồn cây kém chất lượng ngay từ ban đầu. Các cách tiếp cận mới trong quá trình khám phá thuốc từ các nguồn tự nhiên là sử dụng ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử và phát triển và sàng lọc một số lượng lớn các hợp chất tinh khiết và chiết xuất thực vật để phát triển cơ sở dữ liệu. Sàng lọc thảo dược trước khi bào chế sẽ giúp xác định các hợp chất mới hơn và sẽ đảm bảo độ an toàn và hiệu quả của nguồn nguyên liệu dược được sử dụng để sản xuất thuốc.
